Las incongruencias de la SHCP también se reflejan en la problemática para comprobar al fisco las erogaciones por concepto de cuotas de autopista, pues aunque las Secretarías de Hacienda y de Comunicaciones y Transportes, así como Caminos y Puentes Federales (Capufe), presumen que la cobertura de casetas de cobro con sistemas de telepeaje es de 75.2%, en la práctica esta subutilizado, ya que en el 2007 sólo el 37.7% de los camiones de carga y el 59.9% de los autobuses que transitan por esta red, utilizaron dicho sistema.
Esto, a pesar de que la autoridad hacendaria, conforme al artículo décimo tercero transitorio de la ley del IETU, publicó el 9 de mayo del 2008, en El Diario Oficial de la Federación, la Resolución de Facilidades Administrativas (RFA), que permite a los contribuyentes del sector autotransporte tributar en el régimen simplificado de la Ley del Impuesto Sobre la Renta (LISR) y realizar pagos de consumo de combustibles con medios diferentes a cheque nominativo o electrónico, siempre que éstos no excedan el 30% del total de los pagos.
Razón por la cual, el 97% de los transportistas no puede pagar impuestos, por lo que alrededor de dos mil transportistas del país ya se ampararon.